Chou nació en Keelung, Taiwán en 1969. Se licenció en Filosofía por la Universidad Nacional de Chengchi en 1992. Trabajó como periodista y documentalista antes de convertirse en directora de cine independiente.
Chou es una de las pocas cineastas abiertamente lesbianas en Asia. Actualmente está filmando una serie de seis películas llamadas Six Asian Cities Rainbow Project.